Berdasarkan laporan dari Aquaculture Stewardship Council (ASC) Indonesia masih belum terlalu menaruh perhatian terhadap pengolahan limbah budidaya udang, negara yang tinggi perhatiannya terhadap pengolahan limbah yaitu China dan India. Limbah budidaya udang berasal dari pakan yang tidak termakan, feses udang, kulit hasil moulting udang, dan jasad renik lain di air budidaya misalnya plankton dan mikroorganisme. Jenis limbah yang dihasilkan dari tambak udang yaitu limbah padat dan limbah cair.
Limbah padat
Limbah padat ini berasal dari sisa pakan, hanya 24-37% N dan 13-20% P dari pakan yang dapat diserap oleh udang dan menjadi jaringan penyusun tubuh udang, dan sisanya menjadi limbah. Selain itu juga berasal dari feses udang dan jasad organisme mati yang mengendap. Kandungan nitrogen (N) dan fosfor (P) biasanya tinggi. Limbah padat 7-32% berupa nitrogen (N) dan 30-84% berupa fosfor (P). Ketika dibuang langsung, limbah padat dapat menyebabkan eutrofikasi hingga sedimentasi atau pendangkalan di ekosistem pesisir.
Limbah cair
Biasanya konsentrasi amonia sangat tinggi, dan amonia dapat menjadi beracun bagi organisme akuatik. Limbah cair juga mengandung alga dan kemungkinan bibit penyakit. Selain itu terdapat materi organik yang bercampur di dalam kolom air seperti plankton mati, feses udang, dan sisa pakan yang sebaiknya diendapkan terlebih dahulu sebelum diolah lebih lanjut.
Limbah yang dibuang langsung ke lingkungan dapat menyebabkan blooming alga, rendah oksigen terlarut (DO), dan rusaknya habitat bentik. Limbah dari budidaya udang kandungan unsur haranya sangat tinggi sehingga dapat menyebabkan eutrofikasi. Eutrofikasi menyebabkan konsentrasi DO rendah sehingga menyebabkan organisme akuatik seperti ikan, udang, kepiting di alam akan kekurangan DO. Eutrofikasi juga dapat menyebabkan dominasi blue-green algae (BGA) atau dinoflagellata yang dapat menghasilkan racun. Unsur N dan P adalah yang penting dalam pengolahan limbah, jika konsentrasi dua unsur tersebut berhasil ditekan maka risiko terjadinya eutrofikasi di perairan bebas berkurang.
Masalah lain yang timbul jika limbah dibuang langsung adalah tersebarnya bibit penyakit atau patogen ke alam. Hal ini tentu mengancam kesehatan biota liar di sungai, muara, atau laut. Terutama tambak yang mengalami panen gagal dikarenakan terkena penyakit harus bijak dalam membuang limbahnya tidak langsung, melainkan diolah terlebih dahulu agar meminimalisir risiko tersebarnya penyakit.
Mengolah limbah dilakukan selama budidaya berlangsung dan setelah budidaya selesai atau saat panen. Pada beberapa tambak yang menerapkan teknologi intensif saat budidaya berlangsung menerapkan siphoning yaitu pembuangan lumpur dasar kolam, buangan ini termasuk limbah budidaya dan sebaiknya juga melalui proses pengolahan limbah. Pengolahan limbah meliputi 4 macam proses yaitu kontrol, pengolahan, pembuangan, dan penggunaan kembali.
Kontrol, atau pengendalian dalam pembuangan limbah bertujuan mencegah limbah langsung dibuang ke alam. Limbah ini dikumpulkan pada satu tempat yaitu kolam pengendapan. Pada proses ini juga dapat diterapkan proses sedimentasi atau pengendapan partikel organik. Limbah padat dari proses sedimentasi ini lebih sulit diuraikan sehingga memerlukan usaha lebih, alternatifnya sedimen ini digunakan sebagai pupuk pertanian karena kaya akan unsur hara.
Treatment atau pengolahan limbah dilakukan dengan mengurangi volume, toksisitas, dan konsentrasi limbah agar sesuai baku mutu limbah atau agar dapat bermanfaat untuk keperluan lain. Treatment ini dapat dilakukan sekaligus pada proses pengendapan. Penggunaan tanaman biofilter dapat mempercepat proses penguraian atau menurunkan konsentrasi N dan P yang banyak terkandung dalam limbah hasil budidaya. Tanaman biofilter ini mampu meningkatkan penurunan konsentrasi limbah 20%-45%. Dapat digunakan juga rumput laut yang dapat menurunkan N dan P, kemudian penggunaan moluska (sejenis siput atau kerang) untuk menurunkan partikel materi organik, serta ikan untuk menurunkan densitas fitoplankton/alga menjadi materi organik. Alternatif lain yaitu dengan menggunakan bakteri pengurai. Dapat juga digunakan bahan kimia, tetapi jumlahnya harus disesuaikan agar tidak berlebihan.
Baku mutu air limbah menurut Peraturan Menteri KKP nomor 28 tahun 2004
| Parameter air | Baku Mutu Limbah |
| Total Suspended Solid (TSS) | ≤ 200 ppm |
| Kekeruhan | ≤ 50 NTU |
| pH | 6,0 – 9,0 |
| Biological Oxygen Demand (BOD) | < 45 ppm |
| Fosfat (PO4-3) | < 0,1 ppm |
| Ammonia (NH3) | < 0,1 ppm |
| Nitrat (NO3) | < 75 ppm |
| Nitrit (NO2) | < 2,5 ppm |
| Dinoflagellata | < 8 x 102 individu |
| Bakteri patogen | <102 CFU |
Pembuangan limbah, dilakukan ke area yang sudah ditentukan dan telah dipastikan bahwa limbah telah melalui pengolahan dan memenuhi baku mutu limbah. Pada area pembuangan ini juga dapat ditambahkan vegetasi berupa pohon mangrove. Selain dapat menyerap unsur hara dari limbah budidaya, mangrove juga bermanfaat dalam proteksi dan stabilitas pesisir dari pasang air laut maupun bahaya erosi.
Reuse atau penggunaan kembali, misalnya sedimen atau endapan limbah dapat digunakan kembali untuk pupuk pertanian. Limbah berupa air juga dapat digunakan kembali untuk budidaya tetapi harus dicek kualitasnya sama ketika mengambil air dari laut atau sumur, atau jika masih dibawah standar dapat melalui proses sterilisasi dari sumber patogen.
Idealnya, budidaya tidak hanya membutuhkan suplai air bersih tapi juga mengeluarkan air bersih ke lingkungan agar tetap menjaga kelestarian lingkungan sehingga tetap tersedia sumber air yang dapat digunakan kembali untuk budidaya. Kualitas air yang keluar dari outlet tambak pada beberapa konsentrasi parameter kualitas air limbah disarankan lebih baik atau minimal sama dengan air pada saluran inlet maka limbah yang dihasilkan dikategorikan aman bagi ekosistem. Teknologi pengolahan air limbah terus dikembangkan untuk meminimalisir permasalahan ekologi dan sosial. Adanya teknologi ini juga akan memungkinkan keberlanjutan ekonomi untuk jangka waktu yang lebih lama, karena budidaya udang ini juga termasuk kegiatan ekonomi sehingga perlu diperhatikan seluruh aspek yang menunjangnya.
