Selama budidaya udang berlangsung menghasilkan limbah organik terdiri atas sisa pakan, feses, dan sisa metabolisme lainnya. Berdasarkan bentuknya, limbah budidaya udang berupa limbah solid dan larutan. Limbah berbentuk solid berasal dari pakan yang tidak termakan, partikel feses, karapas/kulit udang hasil molting, dan materi organik di dasar kolam. Limbah berbentuk larutan berupa materi yang dikeluarkan bersamaan urin atau melalui insang dan komponen yang larut dari limbah solid. Limbah tersebut umumnya berubah melalui proses biologi dan kimia diantaranya menjadi amonia, nitrit, dan nitrat. Pada sistem intensif, tingginya tebar selaras dengan tingginya limbah yang dihasilkan baik yang tersuspensi dalam air maupun yang mengendap di dasar kolam.
Tingkat pemanfaatan pakan yang tinggi dapat menjaga kualitas air tetap baik sehingga menghasilkan pertumbuhan udang dan produksi yang optimal. Sebaliknya, rendahnya pemanfaatan pakan menyebabkan turunnya kualitas air. Seiring berjalannya waktu budidaya kualitas air akan turun yang disebabkan oleh produk metabolik hasil penguraian sisa pakan dan feses udang, terutama jika tanpa monitor kualitas air yang terus-menerus.
Kondisi kualitas air juga dapat dijadikan pertimbangan saat memberikan pakan. Misalnya [suhu](https://jala.tech/id/blog/tips-budidaya/pengaruh-suhu-terhadap-udang) dan kadar oksigen terlarut (DO) yang dapat mempengaruhi aktivitas makan dan laju metabolisme udang. Suhu optimal bagi pencernaan udang pada kisaran 29-31°C. Pada suhu yang tinggi (32°C) pencernaan lebih cepat dan konsumsi pakan lebih tinggi, tetapi jumlah pakan tetap harus dikontrol agar tidak menyebabkan tingginya konsentrasi materi organik di dasar kolam. Pada saat DO 4-5 ppm nafsu makan udang baik, tetapi jika di bawah 4 ppm nafsu makan udang akan menurun. Kualitas air dapat mempengaruhi fungsi fisiologis udang. Misalnya DO rendah menyebabkan turunnya nafsu makan udang dan justru cenderung mencari oksigen ke permukaan air. Selain itu, tingginya salinitas dapat menyebabkan udang memerlukan energi lebih untuk menyeimbangkan laju osmosis tubuhnya sehingga kompensasinya laju pertumbuhan akan turun. Parameter kualitas air lain yaitu amonia, konsentrasi amonia menjadi lebih tinggi pada saat salinitas tinggi (40 ppt), amonia juga dipengaruhi oleh suhu dan pH yaitu cenderung semakin tinggi pada suhu dan pH yang semakin tinggi. Amonia adalah salah satu senyawa paling beracun, sehingga sangat dihindari jumlahnya melebihi batas yang disarankan. Berbagai kondisi dan variabel kualitas air tersebut mengganggu fisiologi udang dan dapat menyebabkan turunnya nafsu makan udang dan akhirnya pemanfaatan pakan turun yang artinya pakan hanya akan menjadi limbah. Pemberian pakan yang tidak tepat meskipun dengan pengelolaan air yang baik tetap akan menyebabkan penurunan kualitas air. Efek dari kualitas air yang buruk ini adalah turunnya nafsu makan udang yang mengakibatkan laju pertumbuhan turun dan FCR naik.
