Udang menjadi salah satu komoditas perikanan yang memiliki nilai ekonomi tinggi. Aktivitas budi daya pun terus berkembang di berbagai wilayah Indonesia. Namun, peningkatan intensitas budi daya juga diikuti oleh risiko penyakit yang semakin tinggi. Beberapa penyakit yang umum menyerang udang meliputi AHPND, EHP, WSSV, dan IMNV. Petambak perlu melakukan deteksi penyakit sejak dini untuk mengantisipasi penyebaran di dalam tambak. Pemeriksaan dapat dilakukan sebelum penebaran benur maupun secara berkala sebagai bagian dari pemantauan rutin.
Salah satu metode yang digunakan untuk mendeteksi penyakit pada udang adalah Polymerase Chain Reaction (PCR). Metode ini bekerja dengan menggandakan cetakan DNA secara berulang. PCR mampu mendeteksi keberadaan materi genetik virus secara spesifik sehingga menghasilkan tingkat akurasi yang tinggi. Berikut jenis-jenis PCR yang dapat digunakan untuk tambak udang.
Jenis-Jenis PCR untuk Mendeteksi Penyakit Udang
1. PCR konvensional
PCR konvensional berfungsi sebagai metode deteksi kualitatif. Metode ini menampilkan hasil melalui proses elektroforesis. Hasil pemeriksaan menunjukkan status positif atau negatif terhadap keberadaan patogen. Proses PCR konvensional meliputi tahap ekstraksi, amplifikasi, dan elektroforesis. Elektroforesis menjadi pembeda utama dibandingkan dengan metode PCR lainnya. Metode ini cukup banyak digunakan karena memberikan hasil yang akurat dengan biaya yang relatif lebih terjangkau dibandingkan dengan PCR portable kit.
2. Real-time PCR (qPCR)
Real-time PCR dapat mendeteksi sekaligus menguantifikasi DNA virus dalam sampel. Selain menunjukkan keberadaan virus, metode ini juga mengukur jumlahnya. Proses kerja real-time PCR serupa dengan PCR konvensional dalam hal sintesis DNA. Namun, metode ini tidak memerlukan elektroforesis sehingga waktu pengujian menjadi lebih singkat. Sistem fluoresensi pada real-time PCR memungkinkan proses amplifikasi DNA terbaca secara langsung. Metode ini dikenal cepat, akurat, dan informatif dalam menunjukkan tingkat infeksi.
